Существует множество способов создания навигации по сайту при помощи самых совершенных технологий скриптов и флеша, но эти вещи затрудняют индексацию сайта как единого целого поэтому в обязательном порядке вам понадобится продублировать меню навигации традиционными гиперссылками с текстом, состоящим из ключевых слов, которые содержатся на целевой странице. 

Беря во внимание особенности работы поисковых систем а в частности работу их спайдеров, бегающих по ссылкам, важно понимать, что главная страница не всегда является точкой входа на сайт пользователя и поискового робота! А если точкой входа может являться любая страница сайта, это значит что для робота должны быть доступны с этой точки все остальные страницы ресурса, а это можно реализовать только установив соответствующие гиперссылки на все остальные страницы сайта.